ASCO 2015 : Utilisation du séquençage plasmatique pour la détection d'une multitude de résistances secondaires de KIT dans les GIST métastatiques. (Poster)

Contexte : La résistance aux inhibiteurs de kinase est associée à une hétérogénéité génomique marquée des mutations secondaires de KIT dans les GIST métastatiques qui sont faiblement représenté dans les biopsies de tumeurs uniques. Nous avons cherché à évaluer l'intérêt du séquençage plasmatique evaluate  comme nouvelle approche pour détecter ou suivre le spectre des mutations de résistance dans les GIST. Méthodes : Nous avons prospectivement collecté 30 échantillons de plasma chez 22 patients présentant un GIST métastatique. L'ADN circulant libre et l'ADN tumoral ont été séquencés sur une plateforme "Illumina MiSeq" utilisant un panneau de séquençage ciblé conçu sur mesure. Des mutations ayant un pourcentage supérieur ou égal à 0.5% du nombre de lectures total ont été exclus. Résultats :  Nous avons détecté 87 mutations non-synonymes de KIT dans les échantillons de plasma avec des pourcentages variés de lectures totales  (0.5-20% d'ADN circulant). Des mutations primaires ont été retrouvées chez  41%  des patients (toutes coïncidant avec l'analyse de la tumeur), des mutations de résistance ont été observées chez 86% des patients incluant des patients répondeurs à l'imatinib.  Les mutations au niveau de l'exon 17 constituaient les mutations de résistance les plus fréquentes. Les mutations de résistance détectée sur les échantillons tumoraux coïncidaient rarement avec l'ADN plasmatique. Particulièrement, des mutations de p53 mutations ont été détectées chez 77% des patients, des mutations de RAS ou RAF chez 59% des patients bien qu'à de faibles niveaux. Un groupe comparateur de 19 échantillons plasmatiques de patients  porteur de cancers du poumon non à petites cellules présentaient 6 faibles niveaux de mutatations de KIT mutations de 0.9% ADN libre circulant (médiane). Un temps de stockage prolongé, une température élevée de stockage et un stress mécanique ont un impact négatif sur la pureté de l'ADN libre circulant.  Conclusions : Le séquençage plasmatique chez les patients porteurs de GIST métastatiques permet la détection d'une multitude de mutations de résistance des KIT et autres gènes. Les validations futures devraient intégrer un séquençage complet des tissus tumoraux correspondants. La manipulation d'échantillons de plasma devrait être standardisées afin de maximiser le rendement de l'ADN mutant. La valeur clinique du séquençage plasmatique devrait être évaluée dans le cadre d'essais cliniques. 

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